多发性肝囊肿一般不会癌变。肝囊肿大多数是先天性因素所致，是一种良性病变，不会癌变;可能有极少数患者本身就是囊腺癌等恶性肿瘤所致的肝囊肿，这一类患者比较罕见。多发性肝囊肿是指肝脏内出现多个囊肿，虽然一般不会癌变，但需要引起患者的重视。
肝囊肿可以根据囊肿的数量分为单发性和多发性。大多数肝囊肿是先天就存在的，目前认为与胚胎时期的肝内胆管异位等发育异常因素有关，这种类型的肝囊肿大约占到所有肝囊肿患者的90%，是一种预后较好的良性肝脏病变，不会恶变为肝癌。还有少部分肝囊肿是由于创伤、炎症和寄生虫等因素所致的肝囊肿，这些类型的肝囊肿，也没有证据显示会癌变。
仅有极少数的患者是由于恶性肝脏肿瘤所致的肝囊肿，比如非常罕见的囊腺癌。但严格来说，这些患者不是肝囊肿发生了癌变，而是肝癌引起了肝囊肿。由此可见，肝囊肿一般不会癌变，患者不用担心。所谓的多发性肝囊肿也就是同时在肝内发现多个囊肿病症，其病因是一样的，因此一般不会发生癌变。
虽然多发性肝囊肿一般不会癌变，但必须要引起患者足够的重视，如果囊肿的直径都很小，也没有明显的不适表现，那么只要定期复查，检测囊肿的变化即可。如果囊肿有部分或全部直径较大，引起了明显不适，那么需要考虑手术治疗。
