保济丸和藿香正气丸有相似之处，都能治疗感冒和腹泻、呕吐等不适症状，但是两者具体功效还是有差异的，就比如说保济丸适合治疗风热感冒而藿香正气丸则适合风寒，其次保济丸主要调理伤食引起的肠胃不适，藿香正气丸则适合肠胃感冒引起腹泻等。
1、 成分差别
保济丸和藿香正气丸两者的成分就有差异，保济丸的成分主要是橘红以及薏苡仁和谷芽，它主要针对的治疗作用是能够促进消化，减轻肠胃不适的症状，所以药效更偏向于能够起到顺气、促进消化、增进食欲的作用，因此会选择木香、钩藤、薏苡仁这些药材。而藿香正气水更倾向于能够清热、去暑，因此它会选择用藿香、厚朴、苍术和白芷这些药物作为主要成分。
2、 功效区别
两者的功效上面也有很大差别，藿香正气丸一般就是在夏天用的比较多，能够解热降暑，很多人会买来防中暑，以及作为中暑后的治疗药物，因为它有很好的去湿热的作用。其次还可以治疗肠胃感冒，像腹痛、腹泻、呕吐这些症状也有缓解作用。保济丸则主要是针对于治疗消化不良、饮食不洁引起的腹痛、不消化或者是腹泻问题，还能治疗晕车。
3、 适应症差别
藿香正气丸和保济丸在适应症上也有差异，保济丸用来治疗水土不服以及饮食问题造成的肠胃不适症状比较多见，同时还能缓解晕车晕船症状。而藿香正气丸就主要用于治疗中暑、暑热感冒或者是提神作用比较多。
